هرات یکی‌از کهن‌ترین شهرهای واقع در شرق ایران و یکی‌از مراکز معتبر و شناخته شده شهری خراسان بزرگ است. این شهر در دوره پیش‌از حمله مغول و در دوره سلطان محمود غزنوی پایگاه مهمی برای فتوحات وی در خراسان و شمال شرقی ایران به حساب می‌آمد. در دوره فرمانروایی سلجوقیان و سپس غوریان در قرون ۵و ۶ هجری قمری، هرات به‌دلیل برخورداری از موقعیت مهم تجاری و نظامی اهمیت خود را حفظ کرد. هرچند این شهر از حمله مغول آسیب فراوان دید ولی در دوره تیموری به یک دوران شکوفایی رسید و به مرکزی فرهنگی و هنری تبدیل شد. بدیهی است که در چنین شهری با این سابقه درخشان در دوره اسلامی، ساخت یک مسجد جامع مهم و برجسته دور از انتظار نیست. مسجد جامع (جمعه) در شمال‌شرقی شهر قدیم هرات واقع است. این بخش با نام محله قطب‌چاق شناخته می‌شود. این محل از نظر توپوگرافی اندکی بلندتر از سایر قسمت‌های شهر بود. علت این مکان‌یابی احتمالاً امکان تامین راحت آب برای آن در گذشته بوده است.
امروزه این مسجد شاخص‌ترین عنصر معماری شهر است. این مسجد درحال‌حاضر در حدود ۱۸۰ متر طول و ۱۲۰ متر عرض، و مساحتی در حدود ۱۶۰۰ متر مربع دارد. زیربنای مسجد ۱۵۵۰۰ مترمربع و مساحت حیاط آن ۴۸۷۹ مترمربع است.
براساس متون تاریخی، مسجدجامع (جمعه) هرات در نیمه‌دوم قرن ۵ قمری به دستور شمس‌الدین مسعود هروی، وزیر سلطان تکش بنیان نهاده شد. این مسجد شبستانی ستوندار، دارای سقفی چوبی بود و مساحتی بسیار کوچکتر از مسجد فعلی داشت. مسجد شبستانی بر اثر وقوع زلزله‌ایی در جمادی‌الاول سال ۴۹۵ قمری تقریباً به‌طور کامل ویران شد. در روز بعداز این حادثه مردم هرات شبانه‌روزی به بازسازی آن مشغول شدند. این مسجد جدید نیز در حدود یک‌قرن بعد طمعه حریق شد و ویران گشت. درسال ۴۹۷ قمری، به‌دستور سلطان غیاث‌الدین محمدبن‌سام، ساخت مسجدی جدیدی آغاز شد. این مسجد نوبنیاد در محل همان بنای سابق با اضافه‌شدن محدوده‌های جدیدی به آن ساخته شد. سلطان غیاث‌الدین، شافعی مذهب بود ولی وی نه تنها ابن بنا را بازسازی و توسعه داد بلکه حتی به احترام مذهب حنفی جهت‌گیری غربی آن را به‌سمت قبله، به همان شکل قدیمی حفظ کرد. این مسجد تازه ساخت در پیرامون یک حیاط مرکزی بزرگ مستطیل شکل، با چهار ایوان محوری بر روی هرضلع آن برپا شد. در پشت ایوان‌غربی یا ایوان قبله گنبدخانه‌ای وسیع قرار گرفته بود. این سبک از معماری در واقع تداوم معماری ساخت مساجدجامع سلجوقی در ایران را تداعی می‌کرد که نمونه بارز آن مسجدجامع اصفهان است. تمام بنای مسجد نوبنیاد هرات از آجر پخته ساخته شده بود که نشان از اهمیت احداث و ماندگاری آن برای بنیانگذارش، سلطان غیاث‌الدین داشت. غیاث‌الدین در خارج از محدوده این مسجد نوساز و در سمت شمال آن، مقبره گنبدداری برای خود احداث کرد. هنوز بنای ساخت مسجد به اتمام نرسیده بود که سلطان درگذشت و درهمان مقبره خود در جوار مسجد، درسال ۵۹۹ ق به خاک سپرده شد. پس‌از درگذشت سلطان غیاث‌الدین پسرش سلطان غیاث‌الدین محمود جانشین وی شد و کار ساخت مسجد توسط پسر او دنبال شد. سرانجام پس‌از دوسال، ساخت مسجد درسال ۶۰۱ ق، به اتمام رسید. گفتنی است که نقشه دقیق بنای اولیه مسجدجامع هرات توسط مطالعات باستان‌شناسی تاکنون روشن نشده است ولی ایوان‌جنوبی و ورودی جنوب‌شرقی آن مدارک زنده از دوره غوری است. بقایای کتیبه سردر ورودی اصلی مسجد در سمت جنوب‌شرقی آن به‌تاریخ رمضان ۵۹۷ ق که حاوی نام سلطان غیاث‌الدین است نشان از احداث این بنا در دوره حکومت وی دارد. شایان ذکر است که این کتیبه توسط تعمیرات دوره تیموری پوشیده شده بود که درجریان مرمت علمی این بنا درسال ۱۹۶۴ میلادی پدیدار شد.
درسال ۷۲۰ قمری و در زمان حکومت آل‌کرت دستخوش تعمیرات اساسی شد. به‌علاوه، مقبره سلطان غیاث‌الدین مرمت شد و تزئینات مسجد به‌صورت کلی تغییر کرد. درهمین ایام سلطان غیاث‌الدین محمد دستور ساخت مدرسه‌ای را در سمت شمال مسجد داد.
علی‌رغم این اقدامات عمرانی، قسمت اعظم مسجد بر اثر وقوع زلزله مهیب دیگری درسال ۷۶۳ ق، آسیب جدی دید و گنبد مقصوره آن ویران شد. سلطان معز‌الدین محمد حاکم آل‌کرت هرات، مسجدجامع را تعمیر و خانقاه جدیدی به آن اضافه کرد. وی درسال ۷۷۱ ق درگذشت و در مقبره سلطان غیاث‌الدین در جنب مسجدجامع به خاک سپرده شد. سلطان معز‌الدین پیرحسین آخرین حاکم آل‌کرت، درسال ۷۷۵ قمری، یک شربت‌خوری بزرگ فلزی که هنوز در حیاط مسجد قرار دارد، به آن اهداءکرد.
شاهرخ فرزند تیمور درسال ۸۰۳ قمری، پایتخت خود را از شهر سمرقند به هرات منتقل کرد. وی در این دوره به بازسازی و توسعه بناهای شهر همت گماشت.
علی‌رغم ساخت مسجدجامع دیگری توسط گوهرشاد همسر شاهرخ در حومه شهر هرات، مسجدجامع قدیم اهمیت خود را حفظ کرد. درفاصله زمانی سال‌های ۸۴۳ تا ۸۵۳ قمری ، مسجد مجدداً مورد مرمت و تعمیر قرار گرفت. در دوره تیموریان تغییری درشکل و ابعاد مسجد رخ نداد و فقط تزئینات کاشیکاری آن تغییر کرد. در اثر زلزله‌های متعدد و نیز وقوع سیل و استفاده مکرر از مسجد بدون رسیدگی مستمر، مسجد به‌تدریج دچار آسیب‌های متعددی ازجمله شکست تاق‌ها و قوس‌های آن شد.
به دستور سلطان حسین‌بایقرا، آخرین حاکم تیموری هرات، وزیرش امیر علیشیرنوایی، مامور رسیدگی به امور مسجد و تعمیر خرابی‌های آن شد. اقدامات مرمتی در نوروز سال ۹۰۳ قمری آغاز و تقریباً دوسال به طول انجامید. از این مدت، شش‌ماه آن به مرمت کالبد بنا و مابقی به تکمیل و تعمیر تزئینات سپری شد. امیر علیشیرنوایی سعی داشت تا ویژگی‌های اصلی معماری بنا حفظ شود، بنابراین حتی‌الامکان در این زمان سعی می‌کرد تا خرابی‌های به‌وجود آمده، مرمت و تعمیر شوند و از بازسازی پرهیز می‌کرد. نقاشی و کتیبه‌نویسی این تعمیرات برعهده خواجه میرک هروی، خطاط معروف آن روزگار بود که کتیبه‌های آن را به خط ثلث و اسلیمی کاشی‌های آن را به زیباترین وجهی به انجام رساند. ساخت منبر مرمرین آن نیز که به‌جای منبر چوبی درهم شکستـﮥ قدیمی نصب شد، توسط استاد شمس‌الدین، هنرمند سنگ‌تراش معروف آن روزگار انجام شد. یکی‌از مهم‌ترین اقدامات در این دوره تعمیر سردر دوره غوری مسجد بود که از نقطه‌نظر مرمتی قابل‌توجه است. در ساختمان سردر، پوشش و تزئینات سقف قوس دوره غوری آسیب زیادی دیده بود و کتیبه بالایی سردر متعلق به دوره غوری احتمالاً از ابتدا وجود نداشت. مرمتگران بنا، به‌جای تخریب این سقف قدیمی، سقفی جدید در زیر آن احداث کردند و تزئینات جدیدی روی آن ایجاد کردند. علی‌رغم پوشیده‌شدن تزئینات قبلی توسط لایه‌ای گچی، این اقدام باعث حفظ هویت اصلی سردر اصلی شد.
پس از تیموریان، این مسجد توسط حکام مغول (گورکانیان) نیز تعمیر و بهسازی شد. ازبکان به شهر هرات حمله و آن را درسال ۹۱۳ ق تصرف و به حکومت تیموریان برای همیشه پایان دادند. درسال ۹۱۶، هرات توسط شاه اسماعیل اول صفوی تصرف شد ولی پس‌از مرگ وی مجدداً به اشغال ازبکان درآمد. سرانجام شاه عباس صفوی که خود زاده همین شهر بود آن را مجدداً درسال ۹۱۶ قمری تسخیر و ضمیمه قلمرو خود کرد. هرات درسال ۱۲۷۳ قمری در عهد ناصر‌الدین شاه قاجار از ایران جدا شد. در این دوره‌ها ظاهراً جز رسیدگی و نگهداری اقدام خاصی در مسجد رخ نداده است. درسال ۱۹۰۷ میلادی تعمیر و نگهداری این بنا توسط حبیب‌الله خان آغاز شد که پنج‌سال به درازا انجامید. این تعمیرات و اقدامات با هدف حفظ و نگهداری بنا در سال‌های بعد نیز ادامه پیدا کرد. درسال ۴۳-۱۹۴۲ میلادی دولت افغانستان خانه‌های پیرامون مسجد را خریداری و تخریب کرد تا فضای بازی پیرامون مسجد ایجاد شود. درسال ۱۹۶۴ میلادی تعمیرات علمی این مسجد آغاز شد که تاکنون علی‌رغم فراز و فرودهای بسیار ادامه دارد. درحال‌حاضر این مسجد همچنان اعتبار تاریخی و مذهبی خود را در شهر هرات حفظ کرده و جزو یکی‌از مساجد شاخص تاریخی در جهان اسلام محسوب می‌شود.
