خرداد بود و حال امام خمینی رو به وخامت، زمانی که حاج سید احمد خمینی و بعضی از نزدیکان امام و علمای قم و تهران و دیگر مسئولان کشور جلسه گذاشتند هر کسی در مورد محل دفن ایشان پیشنهادی داشت. اما یک چیز مشخص بود: تهران مناسب‌ترین محل برای دفن امام بود. در همان جلسه در جماران بود که با نظر حجت الاسلام والمسلمین آقای حاج سید احمد خمینی و دیگران محلی در نزدیکی شهدای انقلاب و بهشت زهرا برای دفن پیکر امام در نظر گرفته شد. موقعیت‌یابی را آغاز کردند و بهشت زهرا کمک کرد تا این مکان که امروز به نام آرامگاه امام خمینی می‌شناسیم از مالک خریداری شود و منابع مالی هم با کمک‌های مردمی، اعتبارات، همیاری دستگاه‌ها و نهادها و نذورات و موقوفات و عایدات تامین شود. امروز این محل تبدیل به مجموعه بزرگی شده که در جنوبی‌ترین نقطه تهران در نزدیکی بهشت زهرا می‌درخشد.
ابتدا حرم با مرکزیت ضریح شکل گرفت و در مدت کمی هم مسقف شد. گنبد اصلی با ۸ ستون و ارتفاع ۸ متر ساخته شد. چهار گلدسته، شمال، جنوب، شرق و غرب ضریح را در بر گرفت که طول هر کدام به ۹۱ متر می‌رسد. حرم مطهر دارای ابعاد ۱۲۶ × ۱۲۶ متر است که به نه مربع ۴۲×۴۲ متر، تقسیم شده است و چهار ورودی عظیم در کنار سبک معماری اسلامی و مصالح و هندسه خاص و مدرن زیارت‌کنندگان را به خود دعوت می‌کند. نمای داخلی حرم بر چهار ستون استوار است. مرحوم حاج سید احمد خمینی (ره) کسی بود که ایده معماری طرح را به این شکل پیشنهاد داد تا معماری و شکل کلی حرم، با نماد خیمه و معماری شیعی، نشانی از انقلاب عاشورایی حضرت سید الشهدا و یارانشان باشد. از همینجا بود که ۵ گنبد حرم به خاطر ۵ تن آل عبا، یک گنبد اصلی و ۴ گنبد فیروزه‌ای شکل گرفت. ستون‌های زیر گنبد و تزیینات روی شمسه‌ها هم هشت‌تایی هستند که از امام هشتم برگرفته شده‌اند. ارتفاع گنبدها هم سال‌های تاثیرگذار تاریخ معاصر ایران را تا ارتحال امام به یاد می‌آورند و در سه ارتفاع ۴۲، ۵۷ و ۶۸ ساخته شده‌اند.
از سال ۱۳۷۰ بخش‌های اولیه طرح اصلی اجرا شد، یک سال بعد صحن‌های شرق و غرب به مساحت ۱۲۰ هزار متر مربع زیربنا طراحی شدند و ساختشان شروع شد که به نام صحن‌های شهدا و آقا مصطفی مشهور هستند و با دو حیاط بزرگ تکمیل می‌شوند. موزه حضرت امام (س) انقلاب و شهدا در این بخش قرار دارند.
مجموعه حرم امام خمینی برای پاسخگویی به نیاز زائران، هم بخش تجاری و هم بخش اقامتی و هتلینگ دارد. در شمال غرب و شمال شرق مردم می‌توانند به صورت گروهی، خانوادگی یا انفرادی اقامت کنند. بیمارستان مجهزی هم در جنوب غربی در حال اتمام است.
