ایمن محمد ربیع مصطفی عبدالکریم الظواهری در سال ۱۹۵۱ در شهر المعادی در نزدیکی قاهره در یک خانواده نسبتاً مرفه زاده شد.
خانواده او پس از به دنیا آمدن ایمن در روستای کفر الشیخ الظواهری در شهر ههیا در استان «الشرقیه» واقع در شمال مصر اقامت گزیدند. پدرش محمد ربیع الظواهری، استاد داروسازی در دانشکده پزشکی، دانشگاه عین شمس بود که در سال ۱۹۹۵ درگذشت. برادر کوچکتر او حسین الظواهری، مهندس برنامه ریزی و خواهر دوقلویش، هبه الظواهری استاد انکولوژی در انستیتوی ملی سرطان در دانشگاه قاهره است.
پدربزرگ مادری او نیز عبدالوهاب عزام نام دارد که نویسنده و استاد ادبیات دانشگاه «الشرقیه»، رئیس دانشکده هنر دانشگاه قاهره و عضو آکادمی زبان عربی در قاهره بود.
به جز ایمن، محمد ربیح الظواهری ملقب به ابو ایمن المصری نیز بر خلاف رفتار خانواده عمل کرده و هم اکنون از رهبران برجسته القاعده به شمار می‌آید.
در ۲۳ سالگی و در رشته پزشکی از دانشگاه قاهره با درجه خیلی ممتاز (جید جداً) فارغ‌التحصیل شد. از او به عنوان دانشجویی درسخوان که از ورزش‌های خشن بیزار بوده‌است، یاد شده‌است. خواهر دوقلوی او هبه که استاد مؤسسه ملی سرطان در قاهره است، او را ساکت و خجالتی توصیف می‌کند.
ایمن در ۱۴ سالگی به اخوان المسلمین پیوست. پس از اعدام سید قطب به اتهام خیانت، به عضویت گروه حرکت جهاد اسلامی مصر درآمد و همزمان برای تحصیلب پزشکی به دانشکده پزشکی قاهره رفته و در سال ۱۹۷۵ موفق به اخذ مدرک خود به عنوان پزشک می‌شود.
پس از ترور انور سادات، رئیس‌جمهور مصر، وی و همفکرانش در یک سری عملیاتهای پلیسی و امنیتی در مصر دستگیر و محاکمه شدند. در دادگاه از آنجا که وی مسلط به زبان انگلیسی بود به عنوان سخنگوی زندانیان جهاد اسلامی مصر انتخاب شد. سخنرانی‌های آتشین وی در دادگاه به جلب افکار عمومی منجر شد. پس از آزادی از زندان وی از مصر خارج و همراه مجاهدین عرب که در افغانستان مشغول جنگ با اتحاد جماهیر شوروی بودند پیوست. در آنجا با اسامه بن لادن سعودی آشنا و به همراه او شبکه القاعده پایه‌ریزی کرد.
وی به عنوان نفر دوم شبکه القاعده همچون اسامه بن لادن در ارتباط با حملات تروریستی بسیاری در سرتاسر جهان از جمله بمب گذاری‌های ۷ اوت ۱۹۹۸ در سفارتخانه‌های آمریکا در دارالسلام (تانزانیا) و نایروبی (کنیا)، حمله به کشتی جنگی یواس‌اس کول، حمله ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱ به مرکز تجارت جهانی و پنتاگون تحت تعقیب بین‌المللی قرار دارد. او مطابق قطعنامه ۱۲۶۷ شورای امنیت سازمان ملل به خاطر عضویت مؤثر در گروه القاعده تحریم شده‌است. وزارت امور خارجه آمریکا مبلغ ۲۵ میلیون دلار جایزه نقدی را برای اطلاعاتی که به دستگیری یا کشته شدن او منجر شود، اختصاص داده است.
ایمن الظواهری مطابق قطعنامه ۱۲۶۷ شورای امنیت سازمان ملل به دلیل آنچه که عضویت مؤثر گروه القاعده نامیده شد، در فهرست سیاه و تحریم شده بود. همچنین وزارت امور خارجه آمریکا ۲۵ میلیون دلار جایزه نقدی را برای اطلاعاتی که به دستگیری یا کشته شدن او منجر شود، اختصاص داده بود.
مطابق اعلام رسمی مقامات کاخ سفید ایمن الظواهری در ساعت ۲۱:۴۸ دقیقه شب به وقت محلی روز شنبه ۳۰ ژوئیه ۲۰۲۲ در سن ۷۱ سالگی در کابل افغانستان در یک حمله پهبادی کشته شد.
