در زمان فتحعلی شاه (بین سال‌های ۱۲۲۸ تا ۱۲۳۰هجری قمری)، باغ بزرگی بود که از شمال تا خیابان هدایت فعلی و از جنوب تا میدان بهارستان به صورت مجموعه‌ای که قصر سلطنتی و ادارات دولتی را در خود جای می‌داد گسترده بود. مجموعه قصر و کاخ باغ نگارستان به کوشش استادان عبدالله‌خان و آقاجانی اصفهانی، از استادان زبده آن روزگار، ساخته شد.
در حال حاضر از آن باغ و قصر فقط حوضخانه‌ای باقی مانده که در سال ۱۳۰۹ تبدیل به موزه هنرهای ملی ایران شد. لذا ساختمان موزه به نام حوضخانه باغ نگارستان نیز معروف است که در عهد فتحعلی شاه در جنوبی‌ترین قسمت قصر و باغ نگارستان ساخته شده بود.
این حوضخانه که طرح پلان صلیبی داشت با چهار شاه‌نشین اطرافش، بی‌هیچ در و پنجره‌ای به باغ منتهی می‌شد و سقف گنبدی آن بر چهار ستون استوار بود که بر بدنه خود رویش شانزده پیچ تزئینی را، که نماد شاخه‌های گل بودند، از درون گلدان، نشان می‌داد. همچنین تا نیم قرن پیش، حوض دایره شکل بزرگی از سنگ مرمر، میان ستون‌ها قرار داشت که از دل این ستون‌ها آب به داخل حوض فواره می‌کرد و چشم‌انداز زیبایی را به وجود می‌آورد. بنای صلیبی شکل موزه که در نیمه اول قرن سیزدهم ساخته شده بود، برای تغییر کاربری به موزه و همچنین در اختیار گرفتن فضایی بیشتر توسط هنرمندان معاصر، به شکل مستطیل درآمد. به این ترتیب در سال ۱۳۰۹ شمسی به ابتکار شادروان حسین طاهرزاده بهزاد «مدرسه صنایع قدیمیه» شامل موزه هنرهای ملّی ایران و اداره هنرهای ملی به قصد احیا و تجدید حیات هنرهای ملی و سنتی ایران پایه‌گذاری شد.
استاد طاهرزاده بهزاد در سال ۱۲۶۶ه. ش در شهر تبریز و خانواده‌ای روحانی به دنیا آمد و به گفته خود او، فرزند پدر دنیا دیده، کتابخوان و جدی، در تربیت اولاد (بخصوص عبدالحسین) بود. استاد از سنین کودکی علاقه زیادی به هنر نقاشی داشت.
او پیش از تاسیس موزه هنرهای ملی و در سال ۱۳۰۸ ه. ش نخست به ریاست نقشه‌کشی موسسه قالی و سپس به ریاست صنایع قدیم و هنرستان هنرهای زیبا منصوب شده و مدّت چندین سال در تهیه تابلوهای بزرگ و تزئینات کاخ مرمر و کاخ‌های دیگر سعی و کوشش فراوانی کرده بود.
تزیینات بیرونی این بنا از آجر و کاشی هفت رنگ و تزیینات داخلی آن دارای تزیینات گچبری آبی و سفید بوده است که البته سطوح معماری داخلی جدید با همان طراحی گچبری قدیمی و اصلی بنا نقاشی شده‌اند.
ازاره‌های بیرونی و ستون‌های حوضخانه از جنس سنگ می‌باشند. کف موزه قبل از اینکه با کاشی فرش شود، با قالی‌هایی پوشانده می‌شد که از نظر نقش و زیبایی در ردیف کارهای استادان هنرمند قالیباف بود که مکمل ارزش‌های این بنای منحصر به فرد بوده است.
با عبور از طاقی محرابی که به کمک چوب‌های مشبک به وجود آمده است، به فضای اصلی موزه وارد می‌شویم و زیر سقف نیلگون موزه، که با گچبری‌های سفید زینت شده است، به تماشای هنر خالص ایرانی می‌نشینیم.
در قسمت ورودی موزه، مقدم بازدید کننده را مجسمه حاج مقبل- نی‌زن سیاه و دل زنده‌ای که حدود شصت سال پیش در خیابان‌های بهارستان دوره‌گردی می‌کرده است گرامی می‌دارد. نی‌زن، با نگاهی زنده، در حالی که لب‌هایش را به حالت نی‌زدن جمع کرده، درون موزه را می‌نگرد. گویی سعی دارد بیننده را به تماشای روزهایی بکشاند که در خیابان‌های بهارستان می‌گشته و نی می‌زده است. مجسمه نیم تنه نی‌زن، که از گچ ساخته شده و بر پایه چوبی قرار دارد، کار ابوالحسن خان صدیقی، شاگرد کمال‌الملک، است.
هم اکنون این موزه با زیربنای حدود ۵۶۰ مترمربع در محوطه وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی در تهران قرار دارد. این مجموعه دربرگیرنده بهترین هنرهای ملی ایران در همه سال‌های اخیر مانند مینیاتور، تذهیب، خاتم، کاشی‌کاری، قالی‌بافی، پارچه‌بافی، زری‌دوزی، مخمل‌بافی، میناکاری، قلم‌زنی و معرق است.
تمامی آثار این موزه در کارگاه‌های اطراف توسط هنرمندان ساخته و کشیده شده است. بعضی از این آثار جهت نمایش‌های دوره‌ای به کشورهایی مانند آلمان و انگلیس سپرده شدند که بعضی از آن‌ها پس فرستاده شده و برخی نیز برگردانده نشده‌اند. تعدادی از آثار این موزه نیز به موزه‌های داخل کشور همچون موزۀ خوی، رضاییه، آبادان، سنندج، کاشان، میاندوآب، موزۀ هنرهای تزیینی، کارگاه کاشی، سازمان سمعی بصری، قزوین منتقل شده‌اند. بنابراین در حال حاضر ۵۶۳ شی در آن موجود است.
اشیای موجود از جنس چوب، فلز، مینیاتور، منسوجات، سرامیک، چوب نقاشی شده، خاتم، سوخت معرق چرم، مینا، شیشه، نقاشی رنگ روغن و فرش می‌باشد.
