همگان (حتی مخالفان و منتقدان) اتفاق نظر دارند که استاد طباطبایی از این حیث در تاریخ ایران بی‌‌‌نظیر است. اهمیت طباطبایی صرفا به دستاوردهایی نیست که در مسیر تبدیل ایران به موضوع علم ایرانشهری به ارمغان آورد، بلکه دستاورد بزرگ او شاهراهی است که او در کوه‌ها و گردنه‌‌‌های صعب‌‌‌العبور باز کرد تا آیندگان بتوانند ایران‌‌‌پژوهی را به هدف غایی دانشگاه ملی تبدیل کنند. نکته‌‌‌ای که درباره نسبت هگل با فلاسفه پس از او گفته‌‌‌اند برای توضیح قصد ما راهگشاست. گفته‌‌‌اند که اندیشیدن فلسفی بعد از هگل بدون تعیین‌تکلیف با هگل ممکن نیست و هرکس بخواهد نظامی فلسفی تاسیس کند، باید از سد هگل بگذرد.
این حکم به نوعی درباره دکتر طباطبایی نیز صادق است و برمبنای آن می‌‌‌توان گفت اندیشه سیاسی درباره ایران نیز بدون تعیین‌تکلیف با طباطبایی ممکن نخواهد بود. کسی نمی‌‌‌تواند درباره اندیشه سیاسی در ایران نظریه‌‌‌پردازی کند؛ ولی نسبت خود را با طباطبایی (سلبا با ایجابا) تعیین نکند. موضوع اصلی نظریه‌‌‌پردازی طباطبایی، موضوع دولت و ملت است که اصولا تعریف ایران بدون این دو ممکن نیست. در واقع تاریخ ایران پیوستار دولت-ملت است؛ همچنان که تاریخ عربستان تاریخ امت است. از نظر دکتر طباطبایی، ملت – دولت ایرانی در برابر هجمه‌‌‌های بیرونی بسیار مقاوم عمل کرده و حتی در مواقعی که ایران تسلیم تیغ آبدار بیگانگان شده، از نظر فرهنگی همه مهاجمان را در خود مستحیل کرده است.
چه‌بسا این ویژگی بارز ملت- دولت ایرانی مایه امیدی است که میان دوستان ایرانی در برابر خطرات بیرونی هرگز احساس خوف نکنند. اما نگرانی جایی است که هجمه علیه ملت – دولت ایرانی، داخلی یا خانگی است. اینجاست که طباطبایی «چو بید بر سر» ایران خویش می‌لرزید. دکتر طباطبایی هجمه داخلی علیه ارکان ایران را به زلزله تشبیه کرده است که همه‌‌‌چیز را سست و ویران می‌کند. او هرگز به فرم حکومتی در ایران اهمیتی قائل نبود؛ زیرا معتقد بود قبل از انتخاب فرم حکومتی، باید فونداسیون دولت ریخته شود و بدون زیرساخت دولت در معنای state نمی‌‌‌توان فرم حکومتی پایداری را در کشور مستقر کرد. موضوع بسیار مهم دیگر در نظریه استاد فرهیخته، موضوع دانشگاه بود که از نظر ایشان یا ملی است یا اصلا وجود ندارد.
دانشگاه در کشورهای صاحب نظام تولید علم، ضرورتا ملی است و مزید بر آن، از دل نظام سنتی تولید علم بیرون آمده و در واقع نتیجه تحول نظام سنت است. متاسفانه دانشگاه در ایران از یکسو از دل نظام سنتی بیرون نیامده و دیگر اینکه پیوندی با سنت پیچیده ایرانی پیدا نکرده است. دانشگاه زمانی می‌‌‌توانست ملی و ایرانشهری باشد که نظامیه‌‌‌های خواجه نظام‌‌‌‌الملک در تحولات بعدی به دانشگاه‌‌‌های مدرن امروزی تبدیل می‌‌‌شدند یا اینکه دانشگاه با پیوند اندیشیده‌شده با نظام سنت قدمایی شکل می‌‌‌گرفت. سنت در نظریه دکتر طباطبایی امری چهاروجهی و به غایت پیچیده است.
نظام‌‌‌های سنت معمولا پیرامون «متن»ها یا «نص»ها تنیده می‌‌‌شوند. در واقع همواره یک متن یا نص محوری وجود دارد که سنت پیرامون آن تنیده می‌شود. نظام سنت در کشورهای عربی‌اسلامی، فقه‌‌‌محور و در نتیجه امری تکوجهی و بسیط است. همین بساطت است که عابد الجابری را وامی‌دارد تا بگوید که «زمان فرهنگی» عربان مسلمان امروزی که به مدد دلارهای نفتی از تمام رفاهیات دنیای جدید استفاده کامل می‌کنند، با عربان عصر جاهلیت که خشن‌‌‌ترین معیشت را داشتند، یکسان بوده و از حیث ذهنیت و منتالیتی، فرقی میان این دو نوع انسان عربی نیست.
دلیل این امر نیز روشن است؛ زیرا نظام سنت در کشورهای عربی تکوجهی و مبتنی بر فقه است که کمترین تحول را در طول ۱۵سده به خود دیده است. اما نظام سنت ایرانی در گذشته خود دارای سه شعبه بود که در دنیای جدید (در آستانه مشروطه) شعبه چهارمی نیز به آن افزوده شد. بدیهی است که نظام سنت روزآمد، سنتی است که برآمده از دیالکتیک این چهار نص باشد. از قرن سوم تا پنج و شش هجری، نص ایرانشهری که از طریق سیاستنامه‌‌‌ها از عصر ساسانی به دوره اسلامی منتقل شده بود، با ایجاد و تنظیم نسبتی درست با دو نص دیگر، یعنی فلسفه سیاسی یونانی و شریعت‌‌‌نامه‌‌‌های دوره اسلامی، توانست عصر زرین فرهنگ را در ایران‌زمین به صورت خاص و جهان اسلام به صورت عام ممکن کند که در واقع احیای سیاسی ایران (تشکیل حکومت ایرانی مستقل) و رستاخیز فرهنگی در آن (احیای نوین زبان فارسی و تبدیل آن به زبان آیینی و تمدنی و دیوانی) از مهم‌ترین دستاوردهای عصر مذکور است که عربان بیشتر آن را تمدن عربی اسلامی (الحضاره العربیه الاسلامیه) می‌‌‌نامند که مبنایی ندارد.
جنبش مشروطیت که پایانی شد بر قرون میانه ما، از این جهت به سرمنزل غایت نرسید که از یکسو، نه کسانی که بر موضع سنت ایستاده بودند نص جدید را دریافتند و پذیرفتند و نه کسانی که در جانب نص جدید ایستاده بودند، نص‌‌‌های سنتی را پذیرفتند که گرفتار تصلب غیرقابل رفع از درون شده بودند. به این ترتیب جنبش مشروطه ایران برخلاف دستاوردهای بسیار مهمی که برای ایران به ارمغان آورد، در مجموع نتوانست با تنظیم درست تعامل دیالکتیکی این چهار نص، دنیای جدید ایرانی را بنا کند و ایران به صورت کامل و واقعی در عداد کشورهای صاحب مشروطه درآید.
تنظیم رابطه دیالکتیکی میان چهار نص، امری فوق‌‌‌العاده پیچیده است و تنها زمانی ممکن می‌شود که به عنوان موضوع برای دانشگاه ایرانی یا ملی درآید. در دیدگاه طباطبایی، نخبگان سده‌‌‌های اولیه اسلامی، چه در نهضت ترجمه از منابع ساسانی و سپس یونانی و چه در کاربست آثار ترجمه‌شده، بسیار موفق‌‌‌تر از روشنفکران معاصر ما عمل کردند. دلیل اینکه چرا آنها در حدود هزار سال قبل، موفق‌‌‌تر از روشنفکران معاصر ما عمل کردند، این است که نخبگان عصر زرین فرهنگ بر موضعی «ملی» ایستاده بودند که همانا ایران بود. اما روشنفکران امروزی هنوز به ضرورت ذاتی چنین موقف و موضعی التفات تام و تمام پیدا نکرده‌‌‌اند. امروز و در پیامد «جهاد اکبر» طباطبایی، می‌‌‌توان تا حدودی به پدیدار شدن ایران به مثابه یک «مشکل فلسفی» در افق «دانشگاه ملی» و تکوین «علم ایرانشهر» بیش از پیش امیدوار بود.
